学校强化改革意识，在改革中求发展，在发展中促改革，通过改革不断完善内部管理体制，提高管理效率，增强办学活力。学校实行校、院（直属系部）、系三级建制，两级管理的教学管理模式，下移管理重心，下放管理权限，激发院（直属系部）办学活力；适时推进机构、干部、人事、财务、资产、后勤等管理制度改革，在发展中不断完善各项内部管理体制。
第一节 “三级建制、二级管理”体制
2002年12月三校合并过渡期间，学校在摸清原三校基本校情基础上，制定并印发了《关于对学院“二定一发展”规划、教学机构、学科专业设置方案和机构设置方案开展讨论的通知》（鄂经院党发〔2002〕6号），提出学校在优化重组、合理配置现有教育教学资源的基础上，实行校、院（直属系部）、系三级建制、两级管理的教学管理模式，下移管理重心，下放管理权限，激发院（直属系部）办学活力。
学校原则上按二级学科设院，对具有传统办学优势和特色而规模较小的专业，进行适当归并，单独设立直属系。对机构、专业名称相同的进行合并，对机构职能、专业内涵相近的进行优化重组，规范机构和专业名称，同时更新、改造老专业，积极培育新的交叉、复合型专业。院（直属系部）主要承担教学、科研、教师队伍建设及学生管理工作，其任务包括：制定专业发展、专业设置、师资培养、教学改革、教学科研规划；教学计划的落实；教学质量检查与评估；编选教材与教学参考资料、教学大纲；教师的考核、晋升，干部的培养与推荐；教研活动的组织；调进教师的物色、推荐与考核；党组织的思想、组织、党风建设；学生管理；教学实验室与资料室的建设等。院根据需要下设若干系，直属系部下设若干教研室。院属系或直属系下设的教研室主要负责教学和科研管理，不再承担学生管理工作。
根据发展和客观情况，学校不断完善院（直属系部）的领导体制。2003～2005年底，院（直属系部）实行院长、主任负责制，院（直属系部）的教学、科研、教师队伍建设以及财务等工作由行政主要负责人决定，院（直属系部）党组织起政治核心和监督作用。2006年3月后，校党委在《关于加强与改进基层党组织建设的意见》（鄂经院党发〔2006〕24号）中明确指出“教学单位实行党政联席会议制度。党政联席会是研究和决定本单位教学、科研、行政管理等重要工作的会议”，并明确规定了需由党政联席会议讨论决定的重要事项。
学校对院（直属系部）及其他二级单位实行年度目标责任管理。每年年初，学校将年度工作总体目标分解到各院（直属系部）及其他二级单位，年终对各单位的完成情况进行考核，考核结果与奖惩、分配挂钩。通过实行并不断完善二级单位目标责任管理制度，学校强化了对二级单位的管理，确保了学校年度工作任务的落实。